十九世纪后期以来，分类学家从比较解剖学、古生物学、植物化学和细胞学等不同角度对植物各方面进行比较分析，逐步建立起一些能反应植物界进化情况、体现植物各类群亲缘关系的系统发育分类系统。
关于被子植物起源的问题，当时形成了假花和真花两个学派。
假花说（pseudanthium theory）认为，被子植物的花是由单性孢子叶球演化而来。进入系统发育分类阶段的第一个分类系统恩格勒系统就是采用此说，认为无瓣、单性、木本、风媒传粉等为原始特征，将柔荑花序类作为最原始的被子植物，把多心皮类看成较进化的类群。
恩格勒系统认为被子植物二元起源，单子叶植物与双子叶植物是平行进化的两支，都有较进化的类群，并将单子叶植物放在双子叶植物之前。
尽管以恩格勒系统为代表的假花说在传统分类领域影响很大（如我国的《中国植物志》就采用恩格勒系统）——但根据越来越多的资料，证实假花说的许多观点是不能被接受的。
如所谓“柔荑花序类”作为原始类群已被木材解剖学和孢粉学的研究否定，认为是次生类群；合瓣花类是个趋同进化的复系群等等。
真花说（enanthium theory）认为，被子植物的花是由已经灭绝了的裸子植物中的本内苏铁目的两性孢子叶球演化而成的，就是孢子叶球主轴的顶端演化成花托，主轴上的大孢子叶演化为雌蕊，其下的，小孢子叶演化为雄蕊，下部苞片演化为花被。
因此，被子植物被认为是起源于拟苏铁植物，多心皮类是较原始的类群。英国分类学家哈钦松的哈钦松系统，前苏联植物学家塔赫他间的塔赫他间系统，美国植物分类学家柯郎奎斯特的柯郎奎斯特系统都采用真花说。以柯朗奎斯特系统为例。
（单子叶植物在右侧）
近年来随着分子生物学和计算机技术的发展，分子系统学取得了长足的进步。到目前为止单子叶植物还是单系群，而双子叶植物已经被证实不是单系群。因此就难以将双子叶植物作为整个类群与单子叶植物比较。那么，被子植物的系统发育关系究竟是怎样的？
这里就不得不提到APG系统，这是由被子植物系统发育研究组（Angiosperm Phylogeny Group）以分支分类学和系统分类学为研究方法，用叶绿体DNA序列重建全部被子植物的系统发育而提出的被子植物分类系统。每六七年更新一次，目前的是2016年更新的APGIV。
简化一下就是
可以看到，单子叶植物和我们原先认为的几类“双子叶植物”相并列，同时，单子叶植物和真双子叶植物等姐妹类群关系更近，而与ANA基部群等外类群中的“双子叶植物”关系更远。（根据复旦大学马红教授在核基因上的研究，单子叶植物与木兰类的具体位置尚不能确定）
现生类群可以看作一棵树的剖面，面积代表物种数，距中心距离代表分化时间。它们之间是没有相互演化的关系的，自然也没有“更进化”一说，单子叶植物与双子叶植物谁更进化的讨论也无从谈起。
如果硬说的话，单子叶植物只是被子植物的一个分化时间较近的分支，即单子叶植物实际上并非被子植物的基干类群，而与真双子叶植物有较近的共同祖先，它们比起基部群离被子植物基部位置更远一些
——或许，可以认为，这部分被子植物更“进化”？
